黒砂糖はブドウ糖と果糖の分子で構成されており、白砂糖と違ってミネラル分も多く含まれていますが、小腸で分解され、カロリーとして吸収される糖です。一方、フラクトオリゴ糖は小腸で吸収されず、大腸まで達し、大腸に生息するビフィズス菌のエサとなって、ビフィズス菌をどんどん増殖させます。また、吸収されない為、カロリーになりにくいのです。
最近の研究ではビフィズス菌などの善玉菌が免疫力（自然治癒力）の向上を促したり、悪玉菌の出す腐敗物質（発ガン物質）などを抑制する働きがあることがわかってきました。オリゴ糖自体は薬ではありませんが、ビフィズス菌の増殖因子として働き、もともと体の中にいるビフィズス菌をどんどん増やします。
フラクトオリゴ糖は水溶性難消化性繊維なので、腸内毒素を吸着し排せつする働きがあります。またビフィズス菌を増殖することによって腸が活発になり、短期間で快便につながった例が多く報告されています。
